Los ojos secos causados por la autoinmunidad podrían atribuirse al síndrome de Sjörgen (SS). Las glándulas exocrinas están fuertemente infiltradas con linfocitos y macrófagos que producen moléculas de señalización proinflamatorias, como IL-1, TNF-α e IFN-γ.

Se sabe que las hormonas influyen, tanto en las glándulas lagrimales, como en las de Meibomio. Las hormonas sexuales, en particular los andrógenos, parecen ser responsables de gran parte de la susceptibilidad de la glándula lagrimal a las enfermedades relacionadas con el sexo.

La diabetes mellitus (DM) se considera uno de los principales factores de riesgo sistémicos para el SOS debido a la alta prevalencia (~18-54 %) observada en pacientes diabéticos tipo 2.

La disautonomía familiar, también conocida como síndrome de Riley-Day, es un trastorno autosómico recesivo hereditario raro que afecta el desarrollo de neuronas sensoriales y autonómicas específicas durante la embriogénesis. Como resultado de este mal desarrollo, los pacientes son muy vulnerables a la neuropatía óptica.

La actividad de los nervios autónomos que inervan el ojo depende de los reflejos iniciados por la activación de las neuronas sensoriales, las cuales están presentes en alta densidad en la superficie ocular. En ese lugar,son muy susceptibles a lesiones directas causadas por factores ambientales y traumatismos mecánicos.

Uno de los mecanismos involucra la migración de células dendríticas CD103+ o CXCR1+ activadas por disbiosis intestinal o monocitos/macrófagos a la superficie ocular, donde las células T secretan citocinas proinflamatorias. En consecuencia, la respuesta inmunitaria conduce a una disminución de las células caliciformes y las células acinares en la conjuntiva y las glándulas lagrimales, respectivamente, lo que resultará en una reducción de la secreción de mucina y lágrimas.